Advanced

BaCON: A Google Chrome extension for sequence analysis

Rigo, Robert (2015) BINP30 20142
Degree Projects in Bioinformatics
Popular Abstract (Swedish)
BaCON: Ett verktyg för bioinformatikern

Bioinformatik är en tvärvetenskaplig disciplin, där datorberäkningar används för att analysera biologiska data. Inom området används många olika datorprogram, flera som en användare kan installera på sin egen dator.

Många av dessa program går också att hitta online, med fördelar som att man slipper installera många program på sin egen dator och de använder en egen server som ofta går snabbare än att köra dem själv. Några av de största webb-platserna med online-verktyg är NCBI (National Center of Biotechnology Information) och EBI (European Bioinformatics Institute). Dessutom finns ett antal websidor som har onlineversioner av verktygspaketet EMBOSS (European Molecular Biology Open Software... (More)
BaCON: Ett verktyg för bioinformatikern

Bioinformatik är en tvärvetenskaplig disciplin, där datorberäkningar används för att analysera biologiska data. Inom området används många olika datorprogram, flera som en användare kan installera på sin egen dator.

Många av dessa program går också att hitta online, med fördelar som att man slipper installera många program på sin egen dator och de använder en egen server som ofta går snabbare än att köra dem själv. Några av de största webb-platserna med online-verktyg är NCBI (National Center of Biotechnology Information) och EBI (European Bioinformatics Institute). Dessutom finns ett antal websidor som har onlineversioner av verktygspaketet EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite), vilket innehåller många populära och användbara verktyg.

För att använda dessa verktyg så måste man ha de data man vill analysera i rätt format, surfa till verktyget, fylla i data i ett webb-formulär och eventuellt ändra verktygsinställningar. Det är flera små steg som var och en inte tar så lång tid, men om man gör många analyser, så kan det i slutändan bli mycket tid.

BaCON
BaCON är ett tillägg till den populära webläsaren Google Chrome och är tänkt att snabba upp och förenkla användandet av online-verktyg som används inom bioinformatiken. Just nu är BaCON begränsat till ett fyrtiotal verktyg som kan användas med enstaka DNA- och protein-sekvenser.

När en användare ser en intressant sekvens i sin webläsare, till exempel från en websida, en artikel eller från en egen fil, så kan denna sekvens markeras. Det BaCON då gör, är att infoga sig själv i den kontextmeny som visas när en användare högerklickar på markeringen.

I denna kontextmeny kan användaren välja vilket verktyg som ska köras genom att helt enkelt klicka på det valet. BaCON sköter då om all kommunikation med det valda verktyget, inklusive att formatera den markerade sekvensen på rätt sätt, och presenterar resultatet av analysen för användaren.

För användare som behöver förändra inställningar för ett visst verktyg så finns i BaCON möjlighet för det. BaCON kommer sedan ihåg de inställningarna till nästa gång den analysen används. BaCON kan till och med använda samma inställningar även om användaren sitter vid en annan dator så länge man är inloggad med sitt Google-konto.

Förhoppningen är att verktyget BaCON kan underlätta för både forskare och studenter genom att ge ett enklare och mer effektivt sätt att använda onlineverktyg vid sekvensanalys.

Handledare: Björn Canbäck
Examensarbete för masterexamen 30 hp i Bioinformatik 2015
Biologiska institutionen, Lunds universitet (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
Rigo, Robert
supervisor
organization
course
BINP30 20142
year
type
H2 - Master's Degree (Two Years)
subject
language
English
id
5150223
date added to LUP
2015-03-06 13:49:09
date last changed
2015-03-06 13:49:09
@misc{5150223,
  author       = {Rigo, Robert},
  language     = {eng},
  note         = {Student Paper},
  title        = {BaCON: A Google Chrome extension for sequence analysis},
  year         = {2015},
}