Advanced

Development of a qPCR protocol for identification of multiple simultaneous haemosporidian infections in birds

Hultman Skogsmyr, Kelly (2017) BIOK01 20171
Degree Projects in Biology
Popular Abstract (Swedish)
Att skilja mellan malaria och malaria

Parasiter har stark påverkan på evolutionen hos sina värdarter och kan bland annat påverka selektion, reproduktion och (kanske mest uppenbart) hälsotillstånd. Att studera parasiter – till exempel infektionsmönster och parasit-värd-interaktioner – är därför av stort intresse. Och för att göra detta behöver man kunna identifiera olika parasitlinjer hos värddjuren.

Fåglar kan, precis som människor, drabbas av malaria. Malaria är en parasitsjukdom som är vanlig hos fåglar och finns över hela världen utom vid polerna. Men till skillnad från oss människor så drabbas fåglar ofta inte lika starkt av sjukdomen. Dessutom är det lätt att testa för parasitinfektioner utan att påverka fågeln negativt. Därför... (More)
Att skilja mellan malaria och malaria

Parasiter har stark påverkan på evolutionen hos sina värdarter och kan bland annat påverka selektion, reproduktion och (kanske mest uppenbart) hälsotillstånd. Att studera parasiter – till exempel infektionsmönster och parasit-värd-interaktioner – är därför av stort intresse. Och för att göra detta behöver man kunna identifiera olika parasitlinjer hos värddjuren.

Fåglar kan, precis som människor, drabbas av malaria. Malaria är en parasitsjukdom som är vanlig hos fåglar och finns över hela världen utom vid polerna. Men till skillnad från oss människor så drabbas fåglar ofta inte lika starkt av sjukdomen. Dessutom är det lätt att testa för parasitinfektioner utan att påverka fågeln negativt. Därför används fågelpopulationer ofta för att studera både specifikt malaria, men också generellt parasitinfektioner.

För att identifiera vilken eller vilka parasitarter en fågel är infekterad av använder man ofta en metod som kallas PCR (polymerase chain reaction). Metoden går ut på att man, med hjälp av specifika primrar (korta, syntetiskt tillverkade DNA-sekvenser) kan kopiera upp endast de delar av DNA i ett prov som har sekvenser som matchar primern. På så sätt kan man till exempel ta reda på vilken typ av parasit-DNA som ett prov innehåller eller hur mycket av det som det finns. Problemet är att vissa malariaarter och -linjer (ungefär detsamma som underarter) är väldigt lika varandra. Det kan då vara svårt att hitta primrar som är tillräckligt specifika och bara kopierar DNA från en linje istället för från flera. Att kunna skilja mellan linjer är intressant om man till exempel vill studera effekten av infektioner med flera olika parasitlinjer samtidigt.

Den här studien har gått ut på att försöka hitta primrar som är tillräckligt specifika för att kunna skilja på tre linjer av parasitarten Haemoproteus majoris. De kan alla infektera samma fågelart, men eftersom det är svårt att skilja dem åt så kan man inte säga hur vanligt det är med dubbelinfektioner.

Primrarna har testats med hjälp av DNA-prover från fåglar som tidigare har konstaterats vara infekterade med en av linjerna - fem prov för varje linje. Primern har fungerat om vi endast ser DNA-kopiering i de prover som vi sedan tidigare vet innehåller DNA från den parasitlinje som matchar primern. Primrarna är inte tillräckligt specifika ifall de istället kopierar DNA från alla tre parasitlinjer.

I två av fallen identifierade primrarna DNA från alla linjer. Men generellt så var den resulterande DNA-kopieringen starkast i de prover som innehöll ”rätt” DNA. Alla primrarna gav också upphov till en viss del så kallad ospecifik kopiering, där de kopierade andra DNA-sekvenser än vad som var meningen. Förhoppningsvis går de här problemen att åtgärda genom att genomföra analysen vid andra temperaturer. Detta beror på att temperatur påverkar hur starkt de två strängarna i en DNA-spiral binder till varandra. Vid vissa temperaturer kan två DNA-strängar binda till varandra även om de egentligen inte helt passar ihop, och det är troligen det som har hänt i vår undersökning.


Handledare: Staffan Bensch
Examensarbete 15hp i biologi 2017
Biologiska institutionen, Lunds universitet (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
Hultman Skogsmyr, Kelly
supervisor
organization
course
BIOK01 20171
year
type
M2 - Bachelor Degree
subject
language
English
id
8925752
date added to LUP
2017-09-15 15:00:36
date last changed
2017-09-15 15:00:36
@misc{8925752,
  author       = {Hultman Skogsmyr, Kelly},
  language     = {eng},
  note         = {Student Paper},
  title        = {Development of a qPCR protocol for identification of multiple simultaneous haemosporidian infections in birds},
  year         = {2017},
}