Skip to main content

LUP Student Papers

LUND UNIVERSITY LIBRARIES

Polymorphism in nod1 and the effect on gene expression in bank voles

Bergqvist, Anna (2018) MOBK01 20181
Degree Projects in Biology
Popular Abstract
Kan den genetiska koden leda till nedsatt hälsa?

Genetisk forskning har gett en otrolig mängd information om vår hälsa och förmåga att bekämpa infektioner. Ny forskning har fokuserat mycket på huruvida en aktiv gen påverkar sjukdomar. En aktiv gen producerar proteiner, som i sin tur bidrar till kroppens funktioner. Det finns många gener som inte är aktiva eftersom deras proteiner inte har en bidragande funktion. En gen kan aktiveras med hjälp av transkriptionsfaktorer (TF). TF lokaliserar gener och binder till dem i DNA-sekvensen, som består utav en lång rad med baspar. Bindningsområdet kallas promotor och har en specifik sekvens med baser som TF känner igen. Alla gener har en promotor. Denna rad kan förstöras om baserna byts ut, och... (More)
Kan den genetiska koden leda till nedsatt hälsa?

Genetisk forskning har gett en otrolig mängd information om vår hälsa och förmåga att bekämpa infektioner. Ny forskning har fokuserat mycket på huruvida en aktiv gen påverkar sjukdomar. En aktiv gen producerar proteiner, som i sin tur bidrar till kroppens funktioner. Det finns många gener som inte är aktiva eftersom deras proteiner inte har en bidragande funktion. En gen kan aktiveras med hjälp av transkriptionsfaktorer (TF). TF lokaliserar gener och binder till dem i DNA-sekvensen, som består utav en lång rad med baspar. Bindningsområdet kallas promotor och har en specifik sekvens med baser som TF känner igen. Alla gener har en promotor. Denna rad kan förstöras om baserna byts ut, och den sekvens som TF känner igen blir ändrad. En förändrad promotor kan leda till att den blir lättare eller svårare för TF att känna igen promotorn, vilket leder till att genen blir lättare eller svårare att aktivera. Många studier har undersökt mer eller mindre aktivering som följd av ändrade promotorer. Ändring i promotorn hos gener som producerar proteiner som är med i immunförsvaret kan leda till allvarliga hälsoproblem för organismen.

NOD1 är ett viktigt protein för immunförsvaret eftersom det känner igen bakterier när kroppen är infekterad och påbörjar en inflammation därefter. Det finns forskning som säger att en aktiv NOD1 gen är fördelaktigt men också dåligt i vissa sammanhang. Ett basutbyte i DNA-sekvensen skapar olika varianter av samma gen.

Många basutbyten i promotorn i NOD1 hos sorkar har hittats. Basutbytena undersöktes för att se hur många olika varianter det fanns i en sorkpopulation. Detta gjordes genom att sekvensera 39 sorkar över området där det fanns flest utbyten. Sekvenserna fördes in i ett program som visade att populationen hade fem olika varianter. Det fanns två varianter som var vanligast, dessa kallades A och B. 62.82% av populationen hade variant A och 37.18% hade variant B. Eftersom genomet består av två genuppsättningar, en ärvt från mamma och en från pappa hade sorkarna antingen en av varje variant (heterozygot) eller två av samma (homozygot). Detta kallas för genotyp (om man är homozygot eller heterozygot). Genotypen analyserades för varje sork, varav 15 var homozygota AA, 19 var AB heterozygota och 5 var BB homozygota.

Med RNA-sekvensering kunde mängden NOD1 i kroppen mätas i 18 av 39 sorkar, denna mängd kopplades till genotypen och plottades i ett diagram (se figur). Det visade att AA-homozygot hade mest NOD1 medan BB-homozygoter hade minst, och AB heterozygoter hade medelmängd. Detta kunde ändå inte bevisas i ett statistiskt test, vilket förmodligen hade att göra med det låga antalet BB homozygoter i populationen. Det låga antalet kan dock indikera att det överlag finns färre individer med denna genotyp i naturen. Detta kan peka på att individer med BB genotyp har en nedsatt hälsa på grund av deras genotyp och överlever till lägre grad infektioner.

Examensarbete för kandidatexamen i Molekylärbiologi 15 hp 2018. Biologiska institutionen, Lunds Universitet
Handledare: Lars Råberg. Avdelning: Molekylär Zoologi (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
Bergqvist, Anna
supervisor
organization
course
MOBK01 20181
year
type
M2 - Bachelor Degree
subject
language
English
id
8962577
date added to LUP
2018-10-29 16:21:37
date last changed
2018-10-29 16:21:37
@misc{8962577,
  author       = {{Bergqvist, Anna}},
  language     = {{eng}},
  note         = {{Student Paper}},
  title        = {{Polymorphism in nod1 and the effect on gene expression in bank voles}},
  year         = {{2018}},
}