Advanced

Genomeditering i Escherichia coli assisterad av endonukleaset Cas9

Persson, Kate (2018) MOBK01 20172
Degree Projects in Molecular Biology
Popular Abstract (Swedish)
Genförändring utan ärr i bakterien Escherichia coli

En forskares livsuppgift är att göra livet lättare och bättre för oss människor. Inom mikrobiologin arbetar forskare med att förstå mikroorganismers uppbyggnad och funktionen av deras gener. Eftersom mikroorganismer finns överallt på vårt jordklot påverkar de också vårt välbefinnande och miljön vi lever i. Med kunskap om, och hjälp av mikroorganismerna kan vi förbättra mediciner, skapa nya effektiva reningstekniker för förorenat vatten, förstå hur vi påverkar våra tarmbakterier och vice versa, för att nämna några områden där mikroorganismer är viktiga för oss människor. All forskning är mycket tidskrävande och ofta kostsam. Man strävar hela tiden efter att finna nya verktyg som är... (More)
Genförändring utan ärr i bakterien Escherichia coli

En forskares livsuppgift är att göra livet lättare och bättre för oss människor. Inom mikrobiologin arbetar forskare med att förstå mikroorganismers uppbyggnad och funktionen av deras gener. Eftersom mikroorganismer finns överallt på vårt jordklot påverkar de också vårt välbefinnande och miljön vi lever i. Med kunskap om, och hjälp av mikroorganismerna kan vi förbättra mediciner, skapa nya effektiva reningstekniker för förorenat vatten, förstå hur vi påverkar våra tarmbakterier och vice versa, för att nämna några områden där mikroorganismer är viktiga för oss människor. All forskning är mycket tidskrävande och ofta kostsam. Man strävar hela tiden efter att finna nya verktyg som är effektiva och lätta att hantera i forskningen.

När man forskar på bakterier vill man ofta göra förändringar i deras arvsmassa. Eftersom bakterier är väldigt små är det inte möjligt att med blotta ögat se vad man gör utan det är resultatet som visar om försöket blev lyckat eller inte. Det är inte alltid resultatet är synbart och då kan man behöva klistra in en gen för antibiotikaresistens samtidigt som man manipulerar genen av intresse. Genen för antibiotikaresistens används för att man ska kunna selektera för de bakterier som fått genförändringen. Nackdelen är att genen för antibiotikaresistens blir kvar som ett litet “ärr” i bakteriens arvsmassa, och kan påverka uttrycken av andra gener som ligger nära. Av den anledningen är man intresserad av nya verktyg som gör att man kan kringgå ärrbildning men ändå visualisera genförändringar.

I detta projektet ville man prova en ny teknik, CRISPR/Cas9, för att selektera för Escherichia coli-bakterier som fått en mutation i en specifik gen. Cas9 är ett protein som klipper i arvsmassan. Var proteinet ska klippa bestäms av en mall, ett så kallat guideRNA, som man har konstruerat efter sina behov. Här konstruerades mallen så att Cas9 skulle klippa i den omuterade genen. De bakterier som klipps av Cas9 kan inte överleva utan dör och kvar blir de bakterier som fått den muterade genen, dessutom utan ärr i sin arvsmassa. Resultaten blev inte riktigt som man hoppats på då fler bakterier än förväntat överlevde. Någonstans i systemet var det en bugg som behövde åtgärdas. Genom försök med en annan gen visade det sig att Cas9 klippte som det var tänkt. Mallen för var Cas9 ska klippa kontrollerades men inte heller där kunde man hitta något som kunde härleda problemet. Vidare provades en annan stam av Escherichia coli för att undersöka om egenskaper hos bakterien orsakade problemen men det gav inga resultat. Man kan tänka sig att systemet inte fungerar för just den specifika genen men det återstår en del arbete för att ta reda på.

Examensarbete för kandidatexamen i Molekylär Biologi 15 hp 2017
Biologiska institutionen, Lunds Universitet

Handledare: Claes von Wachenfeldt
Mikrobiologigruppen, Biologihus A (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
Persson, Kate
supervisor
organization
course
MOBK01 20172
year
type
M2 - Bachelor Degree
subject
language
Swedish
id
8962937
date added to LUP
2018-11-07 16:26:49
date last changed
2018-11-07 16:26:49
@misc{8962937,
  author       = {Persson, Kate},
  language     = {swe},
  note         = {Student Paper},
  title        = {Genomeditering i Escherichia coli assisterad av endonukleaset Cas9},
  year         = {2018},
}