Advanced

Analyser av eDNA i småvatten inom biogeografisk uppföljning – detekterbarhet och tidpunkt för provtagning

Ekdahl, Bettina (2019) BIOM02 20181
Degree Projects in Biology
Abstract (Swedish)
Att biodiversiteten minskar både regionalt och lokalt är en av vår tids största utmaningar. För att kunna bedriva ett framgångsrikt bevarandearbete i Europa genomförs så kallad biogeografisk uppföljning vars syfte är att övervaka och kartlägga utpekade arters utbredningsområde och populationsstorlek. För detta ändamål är det viktigt med pålitliga standardiserade metoder som är kostnadseffektiva men som inte riskerar att skada målorganismerna. Detektering av eDNA (environmental DNA) som organismer lämnat efter sig ifrån hud, avföring, hår, sekret och liknande är en metod som kan komma att användas vid inventeringar inom den biogeografiska uppföljningen. Syftet med detta projekt är att jämföra detektering av eDNA från vattenprov med... (More)
Att biodiversiteten minskar både regionalt och lokalt är en av vår tids största utmaningar. För att kunna bedriva ett framgångsrikt bevarandearbete i Europa genomförs så kallad biogeografisk uppföljning vars syfte är att övervaka och kartlägga utpekade arters utbredningsområde och populationsstorlek. För detta ändamål är det viktigt med pålitliga standardiserade metoder som är kostnadseffektiva men som inte riskerar att skada målorganismerna. Detektering av eDNA (environmental DNA) som organismer lämnat efter sig ifrån hud, avföring, hår, sekret och liknande är en metod som kan komma att användas vid inventeringar inom den biogeografiska uppföljningen. Syftet med detta projekt är att jämföra detektering av eDNA från vattenprov med traditionella inventeringar och undersöka om detekterbarheten skiljer sig över säsongen samt mellan olika arter. I detta projekt ingick analyser av vanlig groda, åkergroda, blodigel samt citronfläckad kärrtrollslända. Om detekterbarheten går att koppla till olika miljöfaktorer undersöktes också. Resultaten visar att eDNA-metoden är ett bra komplement till traditionella inventeringar då målarterna kunde detekteras i dammar där de inte observerats. Sannolikheten för detektering ökar under målarternas mest aktiva tid på säsongen och det finns inte någon uppenbar skillnad i detekterbarhet mellan arterna. Kopplingen mellan detekterbarhet och uppmätta miljöfaktorer speglar målarternas preferenser på livsmiljön snarare än negativ påverkan på detekteringsmöjligheten av eDNA. (Less)
Popular Abstract (Swedish)
eDNA – framtidens inventeringsmetod i sötvatten?

Att bevara biologisk mångfald är idag en av mänsklighetens största utmaningar. För att kunna bedriva ett framgångsrikt bevarandearbete för hotade arter inom EU genomförs biogeografisk uppföljning vars syfte är att övervaka och kartlägga arternas utbredningsområde och populationsstorlek. Att leta efter DNA som djur lämnat efter sig ifrån hud, avföring, hår, sekret och liknande är en ny metod som kan komma att användas vid inventeringar inom den biogeografiska uppföljningen för sötvattenlevande arter. Denna typ av DNA kallas för eDNA, environmental DNA, eftersom det går att hitta i miljön.

eDNA-metoden är fördelaktig på så sätt att en art inte behöver bli observerad för att bli... (More)
eDNA – framtidens inventeringsmetod i sötvatten?

Att bevara biologisk mångfald är idag en av mänsklighetens största utmaningar. För att kunna bedriva ett framgångsrikt bevarandearbete för hotade arter inom EU genomförs biogeografisk uppföljning vars syfte är att övervaka och kartlägga arternas utbredningsområde och populationsstorlek. Att leta efter DNA som djur lämnat efter sig ifrån hud, avföring, hår, sekret och liknande är en ny metod som kan komma att användas vid inventeringar inom den biogeografiska uppföljningen för sötvattenlevande arter. Denna typ av DNA kallas för eDNA, environmental DNA, eftersom det går att hitta i miljön.

eDNA-metoden är fördelaktig på så sätt att en art inte behöver bli observerad för att bli inventerad. Många arter liknar varandra och kan vara svåra att skilja åt. Andra arter kan vara svåra att hitta eftersom de är små, välkamouflerade, förekommer i litet antal eller endast är aktiva speciella tider på dygnet eller säsongen. Om en art inte hittas på den besökta platsen trots att den faktiskt finns där kan det ge en felaktig bild av artens utbredning och populationsstorlek. Därför är eDNA-metoden relevant att testa och utveckla.

Syftet med projektet var att undersöka pålitligheten hos eDNA-metoden genom att jämföra detektering av eDNA med traditionella inventeringar och undersöka om detekterbarheten skiljer sig över säsongen samt mellan fyra olika sötvattenlevande arter: vanlig groda, åkergroda, blodigel och citronfläckad kärrtrollslända. Om detekterbarheten går att koppla till olika miljöfaktorer undersöktes också.

Vattenprover togs vid fyra tillfällen under vår och försommar i åtta olika dammar i naturreservatet Frihult, Sjöbo kommun, där alla fyra målarterna förekommer. Vid samma tillfällen gjordes vanliga inventeringar för senare jämförelse med eDNA-metoden. För att få ut eDNA:t ur vattenproverna filtrerades vattnet och därefter gjordes PCR vilket innebär att eventuellt eDNA som finns i provet kopieras upp. Om uppkopieringen fungerar vet man att arten finns i den dammen som vattenprovet togs i.

Resultaten visar att eDNA-metoden är ett bra komplement till traditionella inventeringar då målarterna kunde detekteras i dammar där de inte observerats. Sannolikheten för detektering ökar under målarternas mest aktiva tid på säsongen och det finns inte någon uppenbar skillnad i detekterbarhet mellan arterna. Resultatens till synes negativa koppling mellan detekterbarhet och projektets uppmätta miljöfaktorer speglar snarare målarternas preferenser på livsmiljön än negativ påverkan på detektering av eDNA.

Handledare: Marika Stenberg, Per Nyström; Ekoll AB
Masterexamensarbete i biologi; BIOM02, 30 högskolepoäng. 2018
Biologiska institutionen, Lunds universitet (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
Ekdahl, Bettina
supervisor
organization
course
BIOM02 20181
year
type
H2 - Master's Degree (Two Years)
subject
language
Swedish
id
8972472
date added to LUP
2019-03-06 09:30:41
date last changed
2019-03-06 09:30:41
@misc{8972472,
  abstract     = {Att biodiversiteten minskar både regionalt och lokalt är en av vår tids största utmaningar. För att kunna bedriva ett framgångsrikt bevarandearbete i Europa genomförs så kallad biogeografisk uppföljning vars syfte är att övervaka och kartlägga utpekade arters utbredningsområde och populationsstorlek. För detta ändamål är det viktigt med pålitliga standardiserade metoder som är kostnadseffektiva men som inte riskerar att skada målorganismerna. Detektering av eDNA (environmental DNA) som organismer lämnat efter sig ifrån hud, avföring, hår, sekret och liknande är en metod som kan komma att användas vid inventeringar inom den biogeografiska uppföljningen. Syftet med detta projekt är att jämföra detektering av eDNA från vattenprov med traditionella inventeringar och undersöka om detekterbarheten skiljer sig över säsongen samt mellan olika arter. I detta projekt ingick analyser av vanlig groda, åkergroda, blodigel samt citronfläckad kärrtrollslända. Om detekterbarheten går att koppla till olika miljöfaktorer undersöktes också. Resultaten visar att eDNA-metoden är ett bra komplement till traditionella inventeringar då målarterna kunde detekteras i dammar där de inte observerats. Sannolikheten för detektering ökar under målarternas mest aktiva tid på säsongen och det finns inte någon uppenbar skillnad i detekterbarhet mellan arterna. Kopplingen mellan detekterbarhet och uppmätta miljöfaktorer speglar målarternas preferenser på livsmiljön snarare än negativ påverkan på detekteringsmöjligheten av eDNA.},
  author       = {Ekdahl, Bettina},
  language     = {swe},
  note         = {Student Paper},
  title        = {Analyser av eDNA i småvatten inom biogeografisk uppföljning – detekterbarhet och tidpunkt för provtagning},
  year         = {2019},
}