Skip to main content

LUP Student Papers

LUND UNIVERSITY LIBRARIES

Automatiserad primerdesign för kandidatgener

Thomsson, Therese (2021) MOBK01 20202
Degree Projects in Molecular Biology
Abstract (Swedish)
Genom att använda algoritmer och mjukvara kan gamla metoder inom molekylärbiologin effektiviseras. Målet med arbetet var att framställa ett program som automatiserar produktionen av överlappande primrar för kandidatgener. Genom att ta tre olika inputs från användaren så skulle förslag till unika primerpar framställas. Programmet kodades i programmeringsspråket python och biblioteket Primer3 användes. Programmet kan i nuvarande form producera 10 stycken primerpar som är unika och uppfyller vissa krav på dess egenskaper, såsom smälttemperatur och guanin-cytosin% . Programmet är i nuläget inte användarvänligt och svårt att hantera om användaren jobbar med en organism med ett stort genom.
Popular Abstract (Swedish)
Automatiserad primerdesign

Genom nya uppfinningar och förbättrade metoder så insamlas mer biologisk data än någonsin i dagens samhälle, detta har lett till en ökad efterfrågan för system som snabbt kan hantera och sortera data på ett effektivt sätt. Med hjälp av programmering och olika typer av mjukvara så kan gamla metoder bli automatiserade och på så sätt bli mer tidseffektiva samt minska misstag som uppstår på grund av den mänskliga faktorn.

Ett centralt område inom den vita biologin är studie och analys av olika DNA sekvenser. För att underlätta denna forskning skapas kopior av DNA. Detta sker i en process där den tvåsträngade DNA-kedjan separeras och ett polymeras bygger på båda kedjorna. För att polymeraset ska kunna hitta rätt... (More)
Automatiserad primerdesign

Genom nya uppfinningar och förbättrade metoder så insamlas mer biologisk data än någonsin i dagens samhälle, detta har lett till en ökad efterfrågan för system som snabbt kan hantera och sortera data på ett effektivt sätt. Med hjälp av programmering och olika typer av mjukvara så kan gamla metoder bli automatiserade och på så sätt bli mer tidseffektiva samt minska misstag som uppstår på grund av den mänskliga faktorn.

Ett centralt område inom den vita biologin är studie och analys av olika DNA sekvenser. För att underlätta denna forskning skapas kopior av DNA. Detta sker i en process där den tvåsträngade DNA-kedjan separeras och ett polymeras bygger på båda kedjorna. För att polymeraset ska kunna hitta rätt och sätta sig på kedjan så används primrar, vilket är små nukleotidsekvenser som binder till en motsvarande sekvens på den enkelsträngade DNA-kedjan. I laboratorisk miljö kan dock inte polymeraset bygga hur långt som helst, utan lossnar efter en viss längd. Detta medför att många olika primrar måste designas.

Mitt program:
För att automatisera processen av att designa primerar så har jag skapat ett mjukvaruprogram i programmeringsspråket python. Programmet tar emot tre olika inputs av användaren: Genom, sekvens och önskad fragmentstorlek. Programmet tar sekvensen och genererar överlappande primrar med den önskade fragmentstorleken som mall. Sedan jämför programmet de potentiella primrarna med genomet för att försäkra att varje enskilt primer är unik. I processens slutskede matar programmet ut förslag till primers samt relevant info.

Programmet måste även ta hänsyn till olika egenskaper hos primrarna som t.ex. smälttemperatur och proportionen av vissa nukleotidbaser. Parametrarna för de olika primrarna genereras med hjälp av Primer3, vilket är ett populärt programbibliotek för primerdesign.

Tidigare program för primerdesign har huvudsakligen fokuserat på att designa ett enskilt primerpar med önskade egenskaper, utan hänsyn till parets likhet till genomet. Genom att skapa ett program som genererar flertal överlappande par som samtidigt är unika så kan forskning om specifika gener ske snabbare och mer effektivt.


Handledare: Mats Hansson
Examensarbete 15 hp Molekylärbiologi 2020
Biologiska institutionen, Lunds universitet (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
Thomsson, Therese
supervisor
organization
course
MOBK01 20202
year
type
M2 - Bachelor Degree
subject
language
Swedish
id
9040440
date added to LUP
2021-02-15 11:21:08
date last changed
2021-02-15 11:21:08
@misc{9040440,
  abstract     = {{Genom att använda algoritmer och mjukvara kan gamla metoder inom molekylärbiologin effektiviseras. Målet med arbetet var att framställa ett program som automatiserar produktionen av överlappande primrar för kandidatgener. Genom att ta tre olika inputs från användaren så skulle förslag till unika primerpar framställas. Programmet kodades i programmeringsspråket python och biblioteket Primer3 användes. Programmet kan i nuvarande form producera 10 stycken primerpar som är unika och uppfyller vissa krav på dess egenskaper, såsom smälttemperatur och guanin-cytosin% . Programmet är i nuläget inte användarvänligt och svårt att hantera om användaren jobbar med en organism med ett stort genom.}},
  author       = {{Thomsson, Therese}},
  language     = {{swe}},
  note         = {{Student Paper}},
  title        = {{Automatiserad primerdesign för kandidatgener}},
  year         = {{2021}},
}