Genome assembly and annotation of seven litter decomposing fungi
(2023) BINP52 20231Degree Projects in Bioinformatics
- Popular Abstract (Swedish)
- Nedbrytarsvamparnas arvsmassa ger oss ökad kunskap om deras
Livsstil
Saprotrofiska nedbrytarsvampar spelar en mycket viktig roll i kolets kretslopp. De får näring och energi genom att bryta ned dött växtmaterial i marken, till exempel döda kvistar och löven som faller på hösten. I nedbrytningsprocessen frigörs kol och andra näringsämnen som tas upp av svamparna, men kol avges även till atmosfären i form av koldioxid. Svamparna utgör därför en viktig länk mellan kolet i marken och atmosfären. Trots detta vet vi väldigt lite om svamparnas livsstil och vilka strategier de använder för att bryta ned det döda växtmaterialet.
Enorma mängder kol finns lagrat i marken. Hur påverkar nedbrytarsvamparna kolets kretslopp och klimatet? För att... (More) - Nedbrytarsvamparnas arvsmassa ger oss ökad kunskap om deras
Livsstil
Saprotrofiska nedbrytarsvampar spelar en mycket viktig roll i kolets kretslopp. De får näring och energi genom att bryta ned dött växtmaterial i marken, till exempel döda kvistar och löven som faller på hösten. I nedbrytningsprocessen frigörs kol och andra näringsämnen som tas upp av svamparna, men kol avges även till atmosfären i form av koldioxid. Svamparna utgör därför en viktig länk mellan kolet i marken och atmosfären. Trots detta vet vi väldigt lite om svamparnas livsstil och vilka strategier de använder för att bryta ned det döda växtmaterialet.
Enorma mängder kol finns lagrat i marken. Hur påverkar nedbrytarsvamparna kolets kretslopp och klimatet? För att kunna besvara frågor som dessa, behöver vi först lära oss mer om svamparnas olika stategier att bryta ner organiskt material. Ett sätt är att undersöka vilka gener, kopplade till nedbrytning, som finns i deras DNA. Detta är möjligt genom storskalig helgenomsekvensering och bioinformatiska analyser av arvsmassan.
Vi har sekvenserat och studerat arvsmassan hos sju olika arter av nedbrytarsvampar (litter decomposers) i den mycket artrika ordningen Agaricales.
Med hjälp av bioinformatiska verktyg har vi "pusslat ihop" (genome assembly) svamparnas DNA. Genome assembly kan liknas vid att lägga ett pussel utan att känna till det färdiga motivet. För att underlätta detta har vi använt så kallad PacBio "long-read"-sekvensering som resulterar i relativt stora pusselbitar.
Vi har även undersökt var i arvsmassan generna finns, deras struktur och deras möjliga biologiska funktion. I det här projektet är vi intresserade av gener och genfamiljer som kodar för de cellväggsnedbrytande enzym, som svamparna utsöndrar för att bryta ned det döda växtmaterialet. Att kartlägga generna i arvsmassan öppnar upp för möjligheten att jämföra genuppsättningen mellan olika svamparter.
Nedbrytarsvampar är grupp av svampar med stor funktionell diversitet. De förekommer i olika livsmiljöer (habitat) och när vi studerar arvsmassan, ser vi att det kan förekomma stora skillnader i deras nätverk av växtnedbrytande gener.
Masterexamensprojekt i Bioinformatik 60 hp 2023
Biologiska instutionen, Lunds universitet
Handledare: Dimitrios Floudas
Mikrobiologisk ekologi, Biologiska instutionen (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
http://lup.lub.lu.se/student-papers/record/9149286
- author
- Bentzer, Johan
- supervisor
- organization
- course
- BINP52 20231
- year
- 2023
- type
- H2 - Master's Degree (Two Years)
- subject
- language
- English
- id
- 9149286
- date added to LUP
- 2024-02-29 12:32:20
- date last changed
- 2024-02-29 12:32:20
@misc{9149286, author = {{Bentzer, Johan}}, language = {{eng}}, note = {{Student Paper}}, title = {{Genome assembly and annotation of seven litter decomposing fungi}}, year = {{2023}}, }