Overexpression of the plant aquaporin AtSIP2;1 in Escherichia coli
(2020) MOBK01 20201Degree Projects in Molecular Biology
- Abstract
- In molecular biology and biochemistry, it is key to have large amounts of the isolated protein at hand when performing functional and structural studies. Unfortunately, the levels of an individual membrane protein in native tissues is often exceptionally low, making it challenging to purify a sufficient amount. A relatively simple and inexpensive way to get large amounts of a protein is to overexpress in Escherichia coli and then extracted it. However, this heterologous expression has also many problems as well as challenges. In this project I employed E. coli in an attempt to express, the plant aquaporin AtSip2;1, which is a water channel normally residing in the endoplasmic reticulum of Arabidopsis thaliana. Due to the limited time of... (More)
- In molecular biology and biochemistry, it is key to have large amounts of the isolated protein at hand when performing functional and structural studies. Unfortunately, the levels of an individual membrane protein in native tissues is often exceptionally low, making it challenging to purify a sufficient amount. A relatively simple and inexpensive way to get large amounts of a protein is to overexpress in Escherichia coli and then extracted it. However, this heterologous expression has also many problems as well as challenges. In this project I employed E. coli in an attempt to express, the plant aquaporin AtSip2;1, which is a water channel normally residing in the endoplasmic reticulum of Arabidopsis thaliana. Due to the limited time of the project I have not been able to test if the protein can be expressed in the E. coli expression system. (Less)
- Popular Abstract (Swedish)
- Övertryck av växt akvaporin AtSIP2;1 i Escherichia coli
Inom molekylärbiologi och biokemi är det viktigt att ha stora mängder av det isolerade proteinet till hands när man utför funktionella och strukturella studier. Tyvärr är halterna av ett individuellt membranprotein i ursprunget vävnader ofta ganska låga, vilket gör det utmanande att rena en tillräcklig mängd. Ett relativt enkelt och billigt sätt att få stora mängder protein är att överuttrycka i Escherichia coli och sedan extrahera det. Men detta heterologa uttryck har också många problem såväl som utmaningar. I detta projekt använde jag E. coli i ett försök att uttrycka växt akvaporin AtSIP2; 1, som är en vattenkanal som normalt finns i den endoplasmiska retikulum av Arabidopsis... (More) - Övertryck av växt akvaporin AtSIP2;1 i Escherichia coli
Inom molekylärbiologi och biokemi är det viktigt att ha stora mängder av det isolerade proteinet till hands när man utför funktionella och strukturella studier. Tyvärr är halterna av ett individuellt membranprotein i ursprunget vävnader ofta ganska låga, vilket gör det utmanande att rena en tillräcklig mängd. Ett relativt enkelt och billigt sätt att få stora mängder protein är att överuttrycka i Escherichia coli och sedan extrahera det. Men detta heterologa uttryck har också många problem såväl som utmaningar. I detta projekt använde jag E. coli i ett försök att uttrycka växt akvaporin AtSIP2; 1, som är en vattenkanal som normalt finns i den endoplasmiska retikulum av Arabidopsis thaliana. På grund av projektets begränsade tid har jag inte kunnat testa om proteinet kan beskrivas i E. coli-expressionssystemet.
Metod
I detta arbete kommer AtSIP2;1 att utryckas i E. coli bakterie, mängden av protein som uttrycks kommer detekteras med westernblottning. I första steget, kommer kodande sekvensens för AtSIP2;1 att amplifieras från en plasmid med hjälp av PCR. PCRs produkter kommer att sätta in i en plasmid vektor (pET23c) och därefter kommer plasmid vektor med AtSIP2;1 gen (PCRs produkt) att transformera in i E. coli för att göra flera plasmid. Efter man har tillräcklig med många plasmider, kommer plasmid att rena fram och sätta in i andra E. coli stam för att utrycka protein. Cellen kommer att bryta ner och protein kommer att detektera med westernblotting.
Resultat
På grund av projektets begränsade tid har vi inte kunnat undersöka om växten akvaporin AtSIP2;1 kan uttryckas effektivt i E. coli. Men vi har kanske lyckats sätta in genen i expressionsvektorn. I framtiden kommer vi att fortsätta med det projekt som vi har planerat.
Examensarbete för kandidatexamen i Biologi/Molekylär Biologi 15 hp 2020
Biologiska institutionen, Lunds Universitet
Handledare: Urban Johanson
Biokemi och Strukturbiologi
Kemicentrum, Lund universitet (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
http://lup.lub.lu.se/student-papers/record/9021681
- author
- Nguyen, Hiep
- supervisor
- organization
- course
- MOBK01 20201
- year
- 2020
- type
- M2 - Bachelor Degree
- subject
- language
- English
- id
- 9021681
- date added to LUP
- 2020-06-23 15:13:34
- date last changed
- 2020-06-23 15:13:34
@misc{9021681,
abstract = {{In molecular biology and biochemistry, it is key to have large amounts of the isolated protein at hand when performing functional and structural studies. Unfortunately, the levels of an individual membrane protein in native tissues is often exceptionally low, making it challenging to purify a sufficient amount. A relatively simple and inexpensive way to get large amounts of a protein is to overexpress in Escherichia coli and then extracted it. However, this heterologous expression has also many problems as well as challenges. In this project I employed E. coli in an attempt to express, the plant aquaporin AtSip2;1, which is a water channel normally residing in the endoplasmic reticulum of Arabidopsis thaliana. Due to the limited time of the project I have not been able to test if the protein can be expressed in the E. coli expression system.}},
author = {{Nguyen, Hiep}},
language = {{eng}},
note = {{Student Paper}},
title = {{Overexpression of the plant aquaporin AtSIP2;1 in Escherichia coli}},
year = {{2020}},
}