Skip to main content

LUP Student Papers

LUND UNIVERSITY LIBRARIES

Locating the Albina gene in Hordeum vulgare. L. with SNP-markers

Andersson, Julia (2021) MOBK01 20211
Degree Projects in Molecular Biology
Popular Abstract (Swedish)
Mysteriet på genen i den vita kornplantan

Domesticeringen av sädesslaget korn (Hordeum Vulgare.L) kan spåras 10 000 år tillbaka i tiden. Förutom att ge oss djurfoder, mjöl, öl, whiskey och annat gott har korn länge använts som en modellorganism för analyser inom växtgenetik för att det finns en stor samling korn-mutationer tillgängligt för forskare. Kartläggningen av växtens gener har pågått sedan 50-talet och sedan dess har många gener och dess egenskaper identifierats. Denna informationen har tillfört nya upptäckter inom växtodling och bidrar till ökad kunskap om fundamentala molekylära- och fysiologiska processer i växter. Ökad kunskap om växters processer ger i sin tur nya idéer för vidare utveckling av sädesslag som korn.

Vi... (More)
Mysteriet på genen i den vita kornplantan

Domesticeringen av sädesslaget korn (Hordeum Vulgare.L) kan spåras 10 000 år tillbaka i tiden. Förutom att ge oss djurfoder, mjöl, öl, whiskey och annat gott har korn länge använts som en modellorganism för analyser inom växtgenetik för att det finns en stor samling korn-mutationer tillgängligt för forskare. Kartläggningen av växtens gener har pågått sedan 50-talet och sedan dess har många gener och dess egenskaper identifierats. Denna informationen har tillfört nya upptäckter inom växtodling och bidrar till ökad kunskap om fundamentala molekylära- och fysiologiska processer i växter. Ökad kunskap om växters processer ger i sin tur nya idéer för vidare utveckling av sädesslag som korn.

Vi alla vet att människor och djur kan ha albinism. Vad många dock inte vet är att även växter kan ha denna mutation. Växter med albinism har inga spår eller väldigt låga nivåer av pigmenten klorofyll och karotenoider och det är det som gör växten vit.

Min uppgift har varit att lokalisera genen albina-c.11 (alb-c.11) i korn som kodar för albinism. Jag har sökt av ett område på kromosom 6H och försökt smalna av regionen där mutationen kan vara lokaliserad. För att kunna se om genen fanns inom den valda regionen använde jag mig av något som heter SNP-markörer. SNP står för Single Nucleotide Polymorphism och är en plats på DNA:t som skiljer sig med ett enda baspar (bp) från “original” DNA:t (i detta fall kornets DNA). Det kan t.ex. sitta ett C där ett G skulle varit. Den här skillnaden kan användas som markör. Om en SNP är fysiskt nära en plats där en mutation finns kan det bli nedärvd tillsammans med mutationen. Och för att de är länkade kan man lokalisera den gen som orsakar mutationen.

Var fanns genen?
Resultatet efter att ha sökt av ett område där genen misstänktes vara lokaliserad på kromosom 6H visade att den riktigt nog fanns där. Specifikt vet vi nu att det är lokaliserad någonstans mellan basparen 12378588-16120501. Inom detta område finns det 330 gener och någon av dem kan vara alb-c.11. Området kan verka stort men i förhållande till kromosomens hela storlek (ca 600 milj bp) är det ändå ganska litet. För att hitta var genen exakt sitter behövs det göras fler tester och området behövs smalnas ner ännu mer. Mysteriet på var genen i den vita kornplantan kan finnas är inte helt löst, men vi är ett steg närmare.

Handledare: Mats Hansson & David Stuart
Examensarbete 15 hp i Molekylärbiologi 2021
Biologiska institutionen, Lunds universitet (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
Andersson, Julia
supervisor
organization
course
MOBK01 20211
year
type
M2 - Bachelor Degree
subject
language
English
id
9059958
date added to LUP
2021-06-30 11:52:49
date last changed
2021-06-30 11:52:49
@misc{9059958,
  author       = {{Andersson, Julia}},
  language     = {{eng}},
  note         = {{Student Paper}},
  title        = {{Locating the Albina gene in Hordeum vulgare. L. with SNP-markers}},
  year         = {{2021}},
}