Skip to main content

LUP Student Papers

LUND UNIVERSITY LIBRARIES

Detection of cyclic dimeric guanosine 3′,5′-monophosphate (c-di-GMP) at single-cell level. Evaluating the CensYBLBsu c-di-GMP sensor for use in Bacillus subtilis

Glans Lindörn, Philippa (2022) MOBK01 20212
Degree Projects in Molecular Biology
Popular Abstract
Detektion av cellulära nivåer av c-di-GMP via biosensorer

Bis-(3′,5′)-cyclisk di-guanosin-monofosfat (c-di-GMP) är en viktig molekyl som är involverad inom signalering för många olika biologiska processer hos bakterier, till exempel, reglering av cell cykeln och biofilm produktion. För att detektera cellulära nivåer av c-di-GMP, för att undersöka molekylens påverkan, har man skapat en biosensor, CensYBL. Det är en biosensor designad med två fluorescerande fragment som är bunda till två monomerer av en molekyl. När c-di-GMP finns i cellen, så binder den in till de två monomererna vilket leder till en strukturförändring från två monomerer till en dimer. Detta resulterar i att de två fluorescerande fragmenten bundna förs samman vilket... (More)
Detektion av cellulära nivåer av c-di-GMP via biosensorer

Bis-(3′,5′)-cyclisk di-guanosin-monofosfat (c-di-GMP) är en viktig molekyl som är involverad inom signalering för många olika biologiska processer hos bakterier, till exempel, reglering av cell cykeln och biofilm produktion. För att detektera cellulära nivåer av c-di-GMP, för att undersöka molekylens påverkan, har man skapat en biosensor, CensYBL. Det är en biosensor designad med två fluorescerande fragment som är bunda till två monomerer av en molekyl. När c-di-GMP finns i cellen, så binder den in till de två monomererna vilket leder till en strukturförändring från två monomerer till en dimer. Detta resulterar i att de två fluorescerande fragmenten bundna förs samman vilket leder till en fluorescerande signal.

Projektet gick ut på att testa ifall biosensorn CensYBL, gick att använda i E. coli för att detektera nivåer av c-di-GMP, samt ifall en optimerad version av biosensorn gick att använda i B. subtilis för samma funktion.

Metod
För att testa detta växte vi först bakterierna med två olika variationer av biosensorn, en aktiv och en inaktiv version. Bakterierna fick växa och olika substanser tillsattes vid olika tillfällen. Slutligen tog vi prover vid olika tider och dessa prover analyserade vi sedan i ett fluorescerande mikroskop för att se ifall vi kunde se en signal eller ej. För att kunna testa ifall biosensorn funkade i B. subtilis klippte vi ut ett fragment från en plasmid som innehåll egenskaper specifika för bakterien. Detta fragment skulle sedan klistras in i den plasmid som innehåll den optimerande biosensorn, och sedan tas upp av B. subtilis och växa och testas på samma sätt i det fluorescerande mikroskopet.

Resultat
Resultatet visar ett förhållande mellan YFP (fluorescerande protein) och mCherry (kontroll sekvens) som indikerar c-di-GMP (figur 1). Detta visar att biosensorn fungerar för att detektera nivåer av c-di-GMP i E. coli. Resultatet visar att förhållandet mellan YFP och mCherry är större för de aktiva proverna jämfört med de inaktiva. Samma experiment utfördes i E. coli med den plasmid som innehöll den optimerade biosensorn. Detta gjorde vi för att testa ifall biosensorn fungerade. Resultaten visade att även den optimerade biosensorn fungerade i E. coli för att detektera c-di-GMP nivåer. Nästa steg var att testa ifall den optimerade biosensorn då skulle fungera i B. subtilis. Detta hann vi dessvärre inte testas då plasmiden som innehöll biosensorn kom senare än förväntat.

Handledare: Claes von Wachenfeldt & Judith Matavacas
Examensarbete 15hp i molekylärbiologi 2021-2022
Biologiska institutionen, Lunds universitet (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
Glans Lindörn, Philippa
supervisor
organization
course
MOBK01 20212
year
type
M2 - Bachelor Degree
subject
language
English
id
9077595
date added to LUP
2022-03-24 14:41:43
date last changed
2022-03-24 14:41:43
@misc{9077595,
  author       = {{Glans Lindörn, Philippa}},
  language     = {{eng}},
  note         = {{Student Paper}},
  title        = {{Detection of cyclic dimeric guanosine 3′,5′-monophosphate (c-di-GMP) at single-cell level. Evaluating the CensYBLBsu c-di-GMP sensor for use in Bacillus subtilis}},
  year         = {{2022}},
}