Skip to main content

LUP Student Papers

LUND UNIVERSITY LIBRARIES

Hic2 overexpression increase of cell reprogramming efficiency- a computational study

Ibek, Paulina LU (2023) FYTK03 20231
Department of Physics
Computational Biology and Biological Physics - Has been reorganised
Abstract
Since stem cells have many applications in medicine and can be used for treating e.g. cancer and diabetes, finding efficient methods for producing them is a relevant area of research. Cell reprogramming is such a method and our collaborators recently showed that adding Hic2 to the existing protocols of methods increases the efficiency from 1% to 10%. In this thesis, I aim to investigate how an addition of Hic2 increases the efficiency. This is conducted by finding a gene regulatory network containing Hic2 and other core stem cell specific factors by optimizing corresponding dynamical system models to experimental data. Stochastic simulations and energy landscape methods
reveal mechanisms for the experimentally observed increase in... (More)
Since stem cells have many applications in medicine and can be used for treating e.g. cancer and diabetes, finding efficient methods for producing them is a relevant area of research. Cell reprogramming is such a method and our collaborators recently showed that adding Hic2 to the existing protocols of methods increases the efficiency from 1% to 10%. In this thesis, I aim to investigate how an addition of Hic2 increases the efficiency. This is conducted by finding a gene regulatory network containing Hic2 and other core stem cell specific factors by optimizing corresponding dynamical system models to experimental data. Stochastic simulations and energy landscape methods
reveal mechanisms for the experimentally observed increase in reprogramming efficiency. (Less)
Popular Abstract (Swedish)
Stamceller är celler som kan omvandlas till vilken celltyp som helst, vilket gör dem mycket användbara inom olika medicinska behandlingar och undersökningar. Stamceller kan exempelvis behandla cancer och diabetes, men skulle även kunna användas till att bota förlamning. Idag pågår det mycket forskning kring hur vanliga celler kan omvandlas till stamceller. Genom att manipulera mängden olika transkriptionsfaktorer, vars funktion är att reglera proteinproduktionen i cellerna, kan man hjälpa cellen att omvandlas till en stamcell mer effektivt. En sådan transkriptionsfaktor, Hic2, har visat sig öka effektiviteten med en faktor tio, jämfört med andra metoder. Syftet med denna avhandling är att utreda hur en ökning av Hic2 ökar effektiviteten av... (More)
Stamceller är celler som kan omvandlas till vilken celltyp som helst, vilket gör dem mycket användbara inom olika medicinska behandlingar och undersökningar. Stamceller kan exempelvis behandla cancer och diabetes, men skulle även kunna användas till att bota förlamning. Idag pågår det mycket forskning kring hur vanliga celler kan omvandlas till stamceller. Genom att manipulera mängden olika transkriptionsfaktorer, vars funktion är att reglera proteinproduktionen i cellerna, kan man hjälpa cellen att omvandlas till en stamcell mer effektivt. En sådan transkriptionsfaktor, Hic2, har visat sig öka effektiviteten med en faktor tio, jämfört med andra metoder. Syftet med denna avhandling är att utreda hur en ökning av Hic2 ökar effektiviteten av omprogrammering av celler till pluripotenta stamceller. Detta undersöks genom att hitta samspelet mellan Hic2 och andra transkriptionsfaktorer, och genom att genomföra simuleringar som visar en cells utvecklingprocess till en stamcell. (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
Ibek, Paulina LU
supervisor
organization
course
FYTK03 20231
year
type
M2 - Bachelor Degree
subject
language
English
id
9123802
date added to LUP
2023-06-19 14:42:58
date last changed
2023-08-30 15:08:10
@misc{9123802,
  abstract     = {{Since stem cells have many applications in medicine and can be used for treating e.g. cancer and diabetes, finding efficient methods for producing them is a relevant area of research. Cell reprogramming is such a method and our collaborators recently showed that adding Hic2 to the existing protocols of methods increases the efficiency from 1% to 10%. In this thesis, I aim to investigate how an addition of Hic2 increases the efficiency. This is conducted by finding a gene regulatory network containing Hic2 and other core stem cell specific factors by optimizing corresponding dynamical system models to experimental data. Stochastic simulations and energy landscape methods
reveal mechanisms for the experimentally observed increase in reprogramming efficiency.}},
  author       = {{Ibek, Paulina}},
  language     = {{eng}},
  note         = {{Student Paper}},
  title        = {{Hic2 overexpression increase of cell reprogramming efficiency- a computational study}},
  year         = {{2023}},
}