Skip to main content

LUP Student Papers

LUND UNIVERSITY LIBRARIES

HOW TO SEPARATE MICROSCOPIC BRAIN TISSUES IN MULTIDIMENSIONAL CORRELATION MRI? A STUDY ON THE OPTIMAL DESIGN OF 5D DIFFUSION-RELAXATION BINS

Ekstrand, Jonathan LU (2019) KEMR37 20182
Department of Chemistry
Abstract
MRI can be used as an non-invasive method to map the brain. By correlating diffusion with relaxation it is possible to separate different tissue kinds such as white matter, grey matter and free water.

In this work we look at how to bin the data to best separate the tissues. By modifying the bin limits in Diso, Dperp / Dparallel, \DDelta and R2 it will be shown that there is not a single optimal design for the bins. Instead the strength of this method is that by modifying the bins it is possible to highlight tissue that for example have a lower R2 than the surrounding tissue.
Popular Abstract (Swedish)
Med hjälp av MRT så är det möjligt att undersöka en hjärna utan att behöva använda skadlig strålning. Genom att korrelera vattenmolekylers diffusion med dess R2 värde så är det möjligt att separera olika sorters vävnad. Detta då dessa parametrar beror på den kemiska sammansättningen samt strukturen på omgivningen. Men för att kunna separera vävnaderna och visualisera dem så måste datapunkterna som motsvarar en viss typ av vävnad sorteras tillsammans. Detta görs genom att datan sorteras in i tre stycken ”lådor” var vi hoppas på att fånga vit materia, grå materia samt fritt vatten.

Genom att manipulera storlekarna på dessa lådor så är det möjligt att markera vissa datapunkter som sticker ut från dess omgivning i en specifik dimension.... (More)
Med hjälp av MRT så är det möjligt att undersöka en hjärna utan att behöva använda skadlig strålning. Genom att korrelera vattenmolekylers diffusion med dess R2 värde så är det möjligt att separera olika sorters vävnad. Detta då dessa parametrar beror på den kemiska sammansättningen samt strukturen på omgivningen. Men för att kunna separera vävnaderna och visualisera dem så måste datapunkterna som motsvarar en viss typ av vävnad sorteras tillsammans. Detta görs genom att datan sorteras in i tre stycken ”lådor” var vi hoppas på att fånga vit materia, grå materia samt fritt vatten.

Genom att manipulera storlekarna på dessa lådor så är det möjligt att markera vissa datapunkter som sticker ut från dess omgivning i en specifik dimension. Det visar sig även att det inte finns en enda optimal design på lådorna utan denna metods styrka finns i att kunna ändra på lådorna och analysera datapunkter som skiljer sig i en dimension från vävnad av samma slag runtomkring. (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
Ekstrand, Jonathan LU
supervisor
organization
course
KEMR37 20182
year
type
H2 - Master's Degree (Two Years)
subject
keywords
Physical chemistry, fysikalisk kemi
language
English
id
8975098
date added to LUP
2019-05-20 10:35:12
date last changed
2019-05-20 10:35:12
@misc{8975098,
  abstract     = {{MRI can be used as an non-invasive method to map the brain. By correlating diffusion with relaxation it is possible to separate different tissue kinds such as white matter, grey matter and free water. 

In this work we look at how to bin the data to best separate the tissues. By modifying the bin limits in Diso, Dperp / Dparallel, \DDelta and R2 it will be shown that there is not a single optimal design for the bins. Instead the strength of this method is that by modifying the bins it is possible to highlight tissue that for example have a lower R2 than the surrounding tissue.}},
  author       = {{Ekstrand, Jonathan}},
  language     = {{eng}},
  note         = {{Student Paper}},
  title        = {{HOW TO SEPARATE MICROSCOPIC BRAIN TISSUES IN MULTIDIMENSIONAL CORRELATION MRI? A STUDY ON THE OPTIMAL DESIGN OF 5D DIFFUSION-RELAXATION BINS}},
  year         = {{2019}},
}