Advanced

Identification of intrinsic regulators in normal and malignant human hematopoiesis. An RNA-interference approach.

Galeev, Roman LU (2018)
Abstract (Swedish)
Bildandet av blodceller, hematopoesen, utgår från ett litet antal av de så kallade hematopoetiska stamceller som sitter i vår benmärg. Dessa celler har förmågan att ge upphov till alla mogna blodcellstyper av de tre hematopoetiska linjerna, samtidigt som de genom celldelning bibehåller sin egna mängd. Det har uppskattats att vi endast har några tusen hematopoetiska stamceller, men trots deras relativt lilla antal, har de den enastående förmågan att generera runt 11 miljoner mogna blodceller varje sekund, hela livet.
Trots att hematopoetiska stamceller sannolikt är de stamceller det forskats mest kring, är vår förståelse kring hur de regleras på molekylär och genetisk fortfarande inkomplett. I syfte att öka vår förståelse om den... (More)
Bildandet av blodceller, hematopoesen, utgår från ett litet antal av de så kallade hematopoetiska stamceller som sitter i vår benmärg. Dessa celler har förmågan att ge upphov till alla mogna blodcellstyper av de tre hematopoetiska linjerna, samtidigt som de genom celldelning bibehåller sin egna mängd. Det har uppskattats att vi endast har några tusen hematopoetiska stamceller, men trots deras relativt lilla antal, har de den enastående förmågan att generera runt 11 miljoner mogna blodceller varje sekund, hela livet.
Trots att hematopoetiska stamceller sannolikt är de stamceller det forskats mest kring, är vår förståelse kring hur de regleras på molekylär och genetisk fortfarande inkomplett. I syfte att öka vår förståelse om den genetiska regleringen av hematopoetiska stamceller både i normal och malign blodbildning (leukemi), har vi i denna avhandling använt oss av RNA interferens (RNAi) applicerat på blodstamceller från navelsträngsblod i syfte att identifiera gener som styr stamcellernas självförnyelse och celldelning. Genom att använda både ett förvalt och genetiskt komplett RNAi virusbibliotek, har vi funnit att MAPK14, cohesinkomplexet and JARID2 är negativa genetiska regulatorer av blodstamceller. Attenuering av samtliga dessa gener medförde ökad funktionalitet hos stamcellerna.
Vi har också använt datan från vår RNAi screen som ett verktyg att preselektera gener i syfte att även identifiera genetiska regulator i malign hematopoes, särskilt akut myeloisk leukemi och myelodysplastiskt syndrom. Genom att sekvensera de preselekterade generna i över 400 patientprover och därefter funktionellt validera våra upptäckter i både humana och murina celler, har vi identifierat NCAPD2 och SDPR som potentiellt AML- och MDS-associerade gener.
Sammanfattningsvis har vi i denna avhandling använt oss av en global, helgenomtäckande RNAi screen i mänskliga stamceller isolerade från navelsträngsblod. Vi har visat att detta är en användbar metod att hitta nya genetiska stamcellsregulator och i kombination med helgenomssekvensering att även hitta funktionellt relevanta sjukdomsassocierade gener i hematopoetiska maligniteter. (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
author
supervisor
opponent
  • Professor Zuber, Johannes, Vienna, Austria
organization
alternative title
Identifiering av genetiska regulatorer i normal and malign human hematopoes : RNA interferens
publishing date
type
Thesis
publication status
published
keywords
hematopoietic stem cell, RNA interference, Acute myeloid leukemia, myelodysplastic syndrome, genetic screens, next generation sequencing, genetic regulators
pages
127 pages
publisher
Lund University, Faculty of Medicine
defense location
LUX, C126, Helgonavägen 3, Lund
defense date
2018-09-13 09:00
ISBN
978-91-7619-679-3
language
English
LU publication?
yes
id
04e4dc27-4903-4350-a588-b80eb8e6b941
date added to LUP
2018-08-21 12:52:48
date last changed
2019-03-27 14:20:31
@phdthesis{04e4dc27-4903-4350-a588-b80eb8e6b941,
  abstract     = {Bildandet av blodceller, hematopoesen, utgår från ett litet antal av de så kallade hematopoetiska stamceller som sitter i vår benmärg. Dessa celler har förmågan att ge upphov till alla mogna blodcellstyper av de tre hematopoetiska linjerna, samtidigt som de genom celldelning bibehåller sin egna mängd. Det har uppskattats att vi endast har några tusen hematopoetiska stamceller, men trots deras relativt lilla antal, har de den enastående förmågan att generera runt 11 miljoner mogna blodceller varje sekund, hela livet.<br/>Trots att hematopoetiska stamceller sannolikt är de stamceller det forskats mest kring, är vår förståelse kring hur de regleras på molekylär och genetisk fortfarande inkomplett. I syfte att öka vår förståelse om den genetiska regleringen av hematopoetiska stamceller både i normal och malign blodbildning (leukemi), har vi i denna avhandling använt oss av RNA interferens (RNAi) applicerat på blodstamceller från navelsträngsblod i syfte att identifiera gener som styr stamcellernas självförnyelse och celldelning. Genom att använda både ett förvalt och genetiskt komplett RNAi virusbibliotek, har vi funnit att MAPK14, cohesinkomplexet and JARID2 är negativa genetiska regulatorer av blodstamceller. Attenuering av samtliga dessa gener medförde ökad funktionalitet hos stamcellerna.<br/>Vi har också använt datan från vår RNAi screen som ett verktyg att preselektera gener i syfte att även identifiera genetiska regulator i malign hematopoes, särskilt akut myeloisk leukemi och myelodysplastiskt syndrom. Genom att sekvensera de preselekterade generna i över 400 patientprover och därefter funktionellt validera våra upptäckter i både humana och murina celler, har vi identifierat NCAPD2 och SDPR som potentiellt AML- och MDS-associerade gener.<br/>Sammanfattningsvis har vi i denna avhandling använt oss av en global, helgenomtäckande RNAi screen i mänskliga stamceller isolerade från navelsträngsblod. Vi har visat att detta är en användbar metod att hitta nya genetiska stamcellsregulator och i kombination med helgenomssekvensering att även hitta funktionellt relevanta sjukdomsassocierade gener i hematopoetiska maligniteter.},
  author       = {Galeev, Roman},
  isbn         = {978-91-7619-679-3},
  keyword      = {hematopoietic stem cell,RNA interference,Acute myeloid leukemia,myelodysplastic syndrome,genetic screens,next generation sequencing,genetic regulators},
  language     = {eng},
  pages        = {127},
  publisher    = {Lund University, Faculty of Medicine},
  school       = {Lund University},
  title        = {Identification of intrinsic regulators in normal and malignant human hematopoiesis. An RNA-interference approach.},
  year         = {2018},
}