Epigenetic and Phenotypic Profiling of Urothelial Carcinoma
(2015) In Lund University Faculty of Medicine Doctoral Dissertation Series 2015:131.- Abstract
- Precise spatial and temporal regulation of gene expression programs is a prerequisite for multicellular
life. Since the discovery of DNA as the carrier of genetic information, a key question in biology has been how
these hard coded instructions are read and regulated to maintain cellular and organismal homeostasis.
Understanding the mechanisms and processes governing gene and genome regulation are key to solving many of
the outstanding problems in medicine as all forms of disease represent a breakdown of homeostasis. The concept
of epigenetics, how the genotype gives rise to different phenotypes in organismal development, entered the
scientific vernacular in the first half of the 20th... (More) - Precise spatial and temporal regulation of gene expression programs is a prerequisite for multicellular
life. Since the discovery of DNA as the carrier of genetic information, a key question in biology has been how
these hard coded instructions are read and regulated to maintain cellular and organismal homeostasis.
Understanding the mechanisms and processes governing gene and genome regulation are key to solving many of
the outstanding problems in medicine as all forms of disease represent a breakdown of homeostasis. The concept
of epigenetics, how the genotype gives rise to different phenotypes in organismal development, entered the
scientific vernacular in the first half of the 20th century. Increasing knowledge of the processes underlying
genome regulation has shifted the core emphasis of epigenetic research from the phenotypic level and towards the
molecular basis of genome regulation. This thesis provides a brief history and description of the concept of
epigenetics while summarizing basic aspects of genome regulation in order to serve as a general backdrop for the
larger biological context of the included works. The overall aim of the papers included in this thesis has been to
study the epigenetic and phenotypic landscape of urothelial carcinoma with the goal of gaining a fuller
understanding of the molecular alterations underlying the full spectrum of the disease. (Less) - Abstract (Swedish)
- Popular Abstract in Swedish
Epigenetik handlar om hur avläsning av informationen i arvsmassan kan styras
och nedärvas mellan cellgenerationer. Förmågan att kunna ändra
genuttrycksmönster som svar på signaler från omgivningen och sedan bibehålla
dessa genom efterföljande celldelningar ligger till grund för korrekt funktion av
vävnaderna och organen som våra kroppar är uppbyggda av. Samtliga
sjukdomstillstånd har sin grund i en dysfunktion i samspelet mellan enskilda celler
och vävnadskontexten de normalt uppfyller en roll i. Tydligast är detta i cancer
som i grund och botten är en sjukdom karaktäriserad av ett successivt mer
dereglerat samspel mellan de... (More) - Popular Abstract in Swedish
Epigenetik handlar om hur avläsning av informationen i arvsmassan kan styras
och nedärvas mellan cellgenerationer. Förmågan att kunna ändra
genuttrycksmönster som svar på signaler från omgivningen och sedan bibehålla
dessa genom efterföljande celldelningar ligger till grund för korrekt funktion av
vävnaderna och organen som våra kroppar är uppbyggda av. Samtliga
sjukdomstillstånd har sin grund i en dysfunktion i samspelet mellan enskilda celler
och vävnadskontexten de normalt uppfyller en roll i. Tydligast är detta i cancer
som i grund och botten är en sjukdom karaktäriserad av ett successivt mer
dereglerat samspel mellan de maligna cellerna och den normala vävnaden. I mitt
avhandlingsarbete har jag undersökt det epigenetiska landskapet i
blåscancertumörer genom att studera förändringar i DNA-metyleringsmönster.
DNA-metylering är en kemisk modifikation som leder till bestående förändringar i
läsbarheten av information i arvsmassan. Förändrade DNA-metyleringsmönster är
starkt förknippade med tumörutveckling även om man ofta inte vet exakt vilka
konsekvenser en given förändring har på cellnivå. En välkänd effekt av förhöjda
DNA-metyleringsnivåer vid startpunkter för genavläsning, s.k. promotorer, är
nedstängning av genen. Genom att metylera promotorer för gener med t.ex. en
tillväxthämmande funktion kan tumörcellerna öka sin tillväxtpotential. Våra
studier har utgått ifrån blåscancertumörer från patienter behandlade för sin
sjukdom inom Region Skåne. Studierna har främst varit fokuserade på att
kartlägga storskaliga förändringar i DNA-metyleringsmönster för att kunna
definiera specifika patientpopulationer med distinkta metyleringsprofiler och
undersöka de underliggande molekylära förändringarna som ligger till grund för
sjukdomen. Genom våra studier har vi visat att det är möjligt att stratifiera
patienters tumörer baserat på metyleringsmönster och att dessa i sin tur är
kopplade till landskapet av uttryckta gener hos tumören. Genom att kartlägga
molekylära förändringar i tumörer på flera olika nivåer hoppas vi kunna förstå
sjukdomen samt dess uppkomst bättre och därmed kunna verka för en förbättrad
riskstratifiering av patienter samt för att i förlängningen hitta nya
behandlingsalternativ. (Less)
Please use this url to cite or link to this publication:
https://lup.lub.lu.se/record/8227523
- author
- Aine, Mattias LU
- supervisor
- opponent
-
- Dr Radvanyi, François, Institut Curie, UMR 144, CNRS, Paris, France
- organization
- publishing date
- 2015
- type
- Thesis
- publication status
- published
- subject
- keywords
- Epigenetics, DNA methylation, gene expression, urothelial carcinoma, bladder cancer
- in
- Lund University Faculty of Medicine Doctoral Dissertation Series
- volume
- 2015:131
- pages
- 66 pages
- publisher
- Oncology, Lund
- defense location
- Segerfalk lecture hall, BMC, Sölvegatan 17, Lund
- defense date
- 2015-12-10 09:00:00
- ISSN
- 1652-8220
- ISBN
- 978-91-7619-211-5
- language
- English
- LU publication?
- yes
- id
- 061422bc-d5c1-405c-93ef-d8a821f9517f (old id 8227523)
- date added to LUP
- 2016-04-01 13:14:00
- date last changed
- 2019-11-04 10:27:00
@phdthesis{061422bc-d5c1-405c-93ef-d8a821f9517f,
abstract = {{Precise spatial and temporal regulation of gene expression programs is a prerequisite for multicellular<br/><br>
life. Since the discovery of DNA as the carrier of genetic information, a key question in biology has been how<br/><br>
these hard coded instructions are read and regulated to maintain cellular and organismal homeostasis.<br/><br>
Understanding the mechanisms and processes governing gene and genome regulation are key to solving many of<br/><br>
the outstanding problems in medicine as all forms of disease represent a breakdown of homeostasis. The concept<br/><br>
of epigenetics, how the genotype gives rise to different phenotypes in organismal development, entered the<br/><br>
scientific vernacular in the first half of the 20th century. Increasing knowledge of the processes underlying<br/><br>
genome regulation has shifted the core emphasis of epigenetic research from the phenotypic level and towards the<br/><br>
molecular basis of genome regulation. This thesis provides a brief history and description of the concept of<br/><br>
epigenetics while summarizing basic aspects of genome regulation in order to serve as a general backdrop for the<br/><br>
larger biological context of the included works. The overall aim of the papers included in this thesis has been to<br/><br>
study the epigenetic and phenotypic landscape of urothelial carcinoma with the goal of gaining a fuller<br/><br>
understanding of the molecular alterations underlying the full spectrum of the disease.}},
author = {{Aine, Mattias}},
isbn = {{978-91-7619-211-5}},
issn = {{1652-8220}},
keywords = {{Epigenetics; DNA methylation; gene expression; urothelial carcinoma; bladder cancer}},
language = {{eng}},
publisher = {{Oncology, Lund}},
school = {{Lund University}},
series = {{Lund University Faculty of Medicine Doctoral Dissertation Series}},
title = {{Epigenetic and Phenotypic Profiling of Urothelial Carcinoma}},
volume = {{2015:131}},
year = {{2015}},
}